En enero de 1989, la Universidad Austral de Chile inicia sus actividades académicas en Puerto Montt, en la Escuela F-176 cedida transitoriamente por la Ilustre Municipalidad de Puerto Montt.
En la ceremonia de instalación, el Rector de la época, Dr. Juan Jorge Ebert K., decía: “Hemos asegurado y lo reiteramos en esta ocasión que haremos el esfuerzo necesario para que el campus universitario cuyas actividades hoy se inauguran, adquiera en sus áreas de acción un nivel equivalente al que existe en el resto de las actividades de la Universidad que se realizan en Valdivia. Bajo nuestra perspectiva el Campus Pelluco deberá desarrollarse al más alto nivel universitario posible en todas aquellas áreas que albergue, especialmente en las ciencias del mar. Para ello se iniciarán las actividades docentes y se prepararán las condiciones para las actividades de investigación, como igualmente programas de postgrado con el propósito de crear un centro de nivel internacional”.
Oficialmente, el Campus comienza sus actividades en marzo de 1989 con las carreras de Ingeniería en Ejecución en Pesquería, Contador Auditor, Técnico en Turismo y Técnico en Programación de Computadores (carreras existentes en el Instituto Profesional de Osorno), con el objeto de que los estudiantes de ese Instituto puedan continuar sus estudios.
En junio de 1990 se crea la Facultad de Pesquerías y Oceanografía (D.R. 003 del 3/01/1989) con la carrera de Ingeniería en Pesquerías, esta última es discontinuada en el año 1998 (D.R. Nº 357 del 30/09/1998), dando paso a la creación de la carrera de Ingeniería en Acuicultura. En el año 1991 se crea la carrera de Ingeniería de Ejecución en Computación dependiente de la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas (D.R. 158 de 1990). Por D.R. Nº 212 de 1994 se adscribe dicha Escuela a la Facultad de Ciencias de la Ingeniería. En el año 1996, por D.R. Nº 176 de ese mismo año, se cambia el nombre a la citada Carrera por el de Ingeniería en Computación, mientras que, la carrera de Contador Auditor, que dependía de la Facultad de Ciencias Económicas, se discontinúa en el año 1996.
La Facultad de Pesquerías y Oceanografía se descontinúa (D.R. 395, 03.12.2004), para dar paso a la creación de nuevas carreras y regularizar el funcionamiento del Campus, en la idea de la formación de una Sede con una organización diferente. Como consecuencia de lo anterior, existían en el Campus sólo dos carreras.
El proyecto ordenado por la rectoría del Dr. Carlos Amtmann, propuso la creación de nuevas carreras sobre la base del crecimiento y desarrollo experimentado por la Región de los Lagos, especialmente la provincia de Llanquihue. Como resultado de lo anterior, se crean a partir del año 2004 las carreras de Ingeniería Comercial, Ingeniería Civil Industrial, Tecnología Médica, Psicología y Fonoaudiología.
Entre julio y agosto del año 2008, se realizó la presentación del Proyecto que Propone la Creación de la Sede al Consejo Académico y al Directorio de la Universidad Austral de Chile. Este proyecto fue aprobado por unanimidad de integrantes de las dos entidades universitarias, por lo que Puerto Montt pasó a ser la primera Sede de esta casa de estudios en el país y dando inicio a un nuevo ciclo de posicionamiento y presencia de la casa de estudios en la Región de Los Lagos.
El día 03 de Septiembre de 2008 en el acto central del Aniversario nº 54 de la Universidad Austral de Chile y de los 19 años de la Casa de Estudios en Puerto Montt se firmó de manos del Rector de ese entonces Dr. Víctor Cubillos, el Presidente del Directorio don Eduardo Schild y el Secretario General Sr. Carlos Carnevali, el decreto de creación de la Sede, el decreto que crea el cargo de Vicerrector de Sede, y el nombramiento del Dr. Renato Westermeier como dicha autoridad.
En la actualidad cumpliendo 34 años de su creación, la Sede Puerto Montt cuenta con tres Campus en Pelluco, con 17 carreras de pregrado de interés Regional y en el postgrado cuenta con cuatro programas un Doctorado, cuatro Magíster y un Diplomado. Un fuerte desarrollo en el área de la investigación y la vinculación con el medio. Una fuerte interacción en postgrado e investigación con universidades nacionales e internacionales, se demuestra que gran parte del compromiso asumido por el Dr. Ebert se ha cumplido.